安排完了前方三府，秦良玉便对马万春、马万年道：“你们二人搬来援兵之后，川西之兵驻扎在龙安和松潘二地，协防保宁府西侧，若是保宁府有难，可以主动出击，袭击敌军侧翼。沐王府若是来援，直接北上挺进潼川、成都二府，一方面卡住川中要道，一方面协防成都，跟成都当地官兵一起抵御贼兵。”马万春、马万年同时抱拳领命，“末将遵命！请老太君放心！”秦良玉看见麾下众人都欣然接受了任务，不禁欣慰的点了点头，最后道：“本帅亲领两千白杆兵坐镇重庆府，与当地卫所兵一起作为最后防线，若是战事不力，本帅便亲自提兵北上，以为奥援！”
就在整个四川布政使司的军队于秦良玉的安排下全部行动起来的时候，陕西方面的闯军也没有停止动向，经过大致的整军之后，闯军的兵力已经膨胀到了四十余万，但这不过是表象，实际上李自成所面临的困难比他想的要复杂的多，不仅仅是钱粮物资的问题，更重要的是，西北的疫病已经开始在军中蔓延，这对李自成极为不利。
“闯王，今日饥兵第三营营中所有人尽数染病，已经有人开始死亡，咱们的人已经将第三营完全分隔开，周围筑起了栅栏。”当日庆阳府定计之后，李自成便开始着手实施，但是调兵遣将，集合兵马的时候却遇到了大麻烦，那就是疫病，疫病对于西北的流民来说属于无解的难题，对于李自成同样无解，闯军原先对付疫病的方法很简单，哪里有疫病他们就不去哪里，从疫区来的流民他们也不接收，可是这种方略治标不治本，根本不可能完全杜绝疫病，他们的营中尽是流民，谁知道哪个人携带了疫病，哪个人没携带。这样一来，疫病便在闯军中流行开了，先是有几个人发病，紧接着连带了一群人，一传十十传百，很快就病患满营。今日刘宗敏前来禀报，说是闯军饥兵第三营疫病爆发，他们只能将这些人全部分隔开来，因为医士说只要跟病人接触就有可能染病，其余的饥民都是唯恐避之不及。
李自成看了看刘宗敏，眉头瞬间拧到了一起，第三营尽数发病，那可就是五千饥兵啊。闯军这次恢复实力之后，李自成也开始进行规范化行动，仿照明军，以五千人为一营，得到了老营兵四营，正兵六营，饥兵七十二营，虽然以前闯军也是这么做的，可是没有全军统一，现在既然将各方人马都吸纳进了队伍，自然要有个统一的说法。李自成明白，自己的营中缺医少药，别说是饥兵了，就算是老营兵得了疫病，他们都没有更好的条件医治，所以几乎可以肯定，如此猛烈的疫病，这五千饥兵恐怕是一个也活不成，这他娘的，还没开始打仗，自己就损失了五千饥兵，虽然李自成和牛金星等人也没把这些饥兵当人看，无非也就是可以消耗的资源罢了，但是不管怎么说也是闯军的一份力量，就这么白白浪费了，李自成也是心疼。李自成一拍桌子道：“陕西咱们是不能待了，越快走越好，否则疫病一旦在军中全面爆发，咱们可就完了，跟官兵干本王不怕，可这疫病看不见摸不着，咱这心里确实没底，传令各营，拉开距离。”
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